Vorbereitung: Eine feuerfeste Form mit Butter ausstreichen und den Backofen auf 200 Grad vorheizen. Die Tomaten waschen, abtrocknen und in etwa 0,5 cm dicke Scheiben schneiden, dabei die Stielansätze entfernen. Den Mozzarella ebenfalls in 0,5 cm dicke Scheiben schneiden. Zwiebeln und Knoblauch schälen und fein würfeln. Das Olivenöl mit den Zwiebel- und Knoblauchstücken mischen.
Schichten: Das Toastbrot so zurechtschneiden, dass der Boden der Form vollständig ausgelegt ist. Etwas von dem gewürzten Olivenöl über das Brot träufeln. Tomaten- und Käsescheiben dachziegelartig auf dem Brot verteilen, den Kochschinken hinzufügen und die Tomaten leicht salzen.
Überbacken: Den Pfeffer zum restlichen Olivenöl geben und über den gesamten Auflauf träufeln. Den Auflauf auf der mittleren Schiene im vorgeheizten Backofen etwa 40 Minuten backen, bis er goldbraun und knusprig ist. Den Thymian lauwarm abbrausen, trocken tupfen, die groben Stiele entfernen und die Blätter fein hacken. Den fertigen Auflauf damit bestreuen.